Tres años después de los eventos de la película anterior, el parque temático Jurassic World en Isla Nublar ha sido abandonado.

Un equipo de mercenarios llega a la isla para recuperar ADN de los restos de Indominus Rex, que se encuentran en el fondo de la laguna del Mosasaurus. Después de enviar una pieza de hueso a la superficie, el equipo es atacado por el Mosasaurus y Tyrannosaurus rex. Parte del equipo consigue escapar con el hueso del Indominus Rex pero la puerta de la laguna se queda abierta, lo que hace que el Mosasaurus escape al océano.

En el continente, una audiencia en el Senado de los Estados Unidos debate si los dinosaurios de Isla Nublar deberían salvarse de una inminente erupción volcánica del Monte Sibo. El matemático Dr. Ian Malcolm (Jeff Goldblum) debate el hecho de que los dinosaurios deberían morir, ya que cree que la naturaleza está corrigiendo el error que John Hammond había cometido al clonar los dinosaurios años atrás. Mientras tanto, la ex gerente de operaciones de Jurassic World, Claire Dearing, creó el Grupo de protección de dinosaurios para salvar a los dinosaurios.

Después de que el Senado rechaza el rescate de los dinosaurios, Benjamin Lockwood, el ex socio de Hammond en la creación de la tecnología de clonación de dinosaurios, se pone en contacto con Claire. Claire conoce a Lockwood en su finca en el norte de California. Lockwood y su asistente, Eli Mills, planean trasladar a los dinosaurios a un nuevo santuario insular, donde vivirán sin interferencia humana. A Mills le preocupa que la localización de Blue, el último Velociraptor viviente, sea difícil, por lo que Claire recluta a Owen Grady, el ex entrenador de Velociraptor de Jurassic World, para unirse a la misión.

El grupo de rescate llega a Isla Nublar y se encuentra con el mercenario principal, Ken Wheatley. Claire y el ex técnico del parque, Franklin Webb, reactivan los rastreadores de dinosaurios del parque en el búnker de comando, mientras que Owen, Ken, la paleoveterinaria Zia Rodríguez y los mercenarios buscan a Blue. Al localizarle y tratar de sedarle, uno de los mercenarios es atacado por Blue y le dispara en el vientre. Owen. molesto por lo ocurrido, planta cara a Ken Wheatly y es noqueado con tranquilizantes, mientras que Zia intenta mantener vivo a Blue. El volcán entra en erupción por lo que Wheatley ordena que todo el mundo meta en el barco todos los especímenes posibles para marcharse lo antes posible. Owen se despierta justo antes de que la lava le alcance y empieza a huir de ella.

Mientras esto ocurre Claire y Franklin se quedan atrapados en el búnker. Un dinosaurio consigue acceder al interior del búnker a través de un túnel y Claire y Franklin consiguen escapar en el último momento a través de una escotilla. Una vez fueran se reúnen con Owen. Claire y Franklin usan una girosfera abandonada para guarecerse del ataque de un Carnotaurus y justo cuando Owen va a ser deborado por él aparece el T-Rex de la primera película que mata al Carnotaurus y sigue su camino para huir de la lava. Claire y Franklin comienzan a rodar dentro de la girosfera pendiente abajo, seguidos de Owen e incontables dinosaurios que hacen lo mismo para huir de la nube de ceniza que les sigue de cerca. Todos ellos se precipitan desde un acantilado hacia el océano. Owen los rescata de la girosfera que se hunde.

Una vez en la playa ven helicópteros llevandose a los dinosaurios y consiguen colarse a bordo del barco de los mercenarios en el último momento. El barco, lleno de dinosaurios capturados, parte hacia el continente, mientras que parte de la Isla Nublar es destruida por la erupción volcánica. En el barco se reunen con Zia que sigue tratando de salvarle la vida a Blue y ella les dice que necesita urgentemente una transfusión de sangre de algún dinosaurio que, al igual que los velociraptores, tengan solo tres dedos en sus patas. Owen y Claire se encargan de buscar el T-Rex y conseguir parte de su sangre para salvarle la vida a Blue.

En la mansión de Lockwood, Maisie, la nieta de Lockwood, descubre que Mills está secretamente ligado con el subastador Gunnar Eversol para vender los dinosaurios capturados. También descubre que pretenden mostrar a los asistentes de la subasta al Indoraptor, un nuevo dinosaurio híbrido creado por el Dr. Henry Wu usando el ADN del Indominus rex y juntandolo al del Velociraptor. Wu planea usar DNA de Blue y el hueso Indominus rex recuperado para crear versiones mejoradas de Indoraptor.

Lockwood, informado por Maisie, se enfrenta a Mills para evitar esa subasta pero es asesinado por él. Owen y Claire, que pretendían alertar a las autoridades de lo que estaba ocurriendo, son descubiertos y encerrados en una celda en la finca, mientras que Zia y Franklin evaden la captura.

Owen y Claire consiguen escapar de la celda con la ayuda de un Stygimoloch y encuentran a Maisie, quien les muestra la subasta, mientras se vende el Indoraptor, a pesar de la advertencia de Wu. Owen utiliza de nuevo al Stygimoloch para interrumpir la subasta.

Una vez la sala ha quedado desierta y tan solo queda el Indoraptor en su jaula, Ken intenta recuperar uno de los dientes de Indoraptor como un trofeo, pero el Indoraptor lo engaña haciendo que estaba noqueado por el sedante y se escapa, matándolo a él y a Eversol.

Mills se encuentra con Owen, Claire y Maisie y trata de llevarse a la niña pero cuando Owen y Claire se lo impiden Mills les confiesa que no es una niña normal, que Maisie es en realidad un clon de la hija fallecida de Lockwood, y ella es la razón por la cual John Hammond, que estaba en contra de la clonación humana, terminó su asociación con Lockwood. Owen,Claire y Maisie huyen y llegan a una sala llena de fósiles de dinosaurios donde se encuentran al Indoraptor que les trata de dar caza por toda la mansión.

Mientras tanto, el Dr. Wu manda recoger los restos de ADN del laboratorio y él mismo trata de conseguir ADN fresco de Blue pero Zia libera al velociraptor que ataca a Wu y a los guardias y huye justo antes de que uno de los tanques de gas del laboratorio haga explosión.El Indoraptor consigue acorralar a Owen y Maisie en el tejado y estos son salvados por Blue que hace caer al Indoraptor a través del techo de cristal. El Indoraptor es empalado a la muerte por una calavera Triceratops en exhibición.

Owen, Claire y Maisie llegan al laboratorio donde se encuentran con Zia y Franklin que les enseñan como los dinosaurios no vendidos están muriendo debido a la fuga de cianuro de hidrógeno y Claire toma la decisión de liberarles porque no quiere que mueran. Owen le pide que piense bien en lo que está haciendo y en las consecuencias que tendría. Ya no están en una isla, si los dinosaurios escapan huirán a través de todo el continente y podría suponer un peligro para el resto de humanos. Claire decide no liberarlos pero Maisie, que los entiende más que nadie porque ella misma es producto de la manipulación genética, pulsa el botón y los dinosaurios huyen.

Ya en los jardines de la mansión Mills intenta escapar con el hueso Indominus rex pero es comido por el Tyrannosaurus y un Carnotaurus. Owen y Claire se van con Maisie. mientras Blue y el resto de los dinosaurios escapan al mundo. Se ve al T-Rex rompiendo una jaula del un zoo y rugiendole a un león que le devuelve el rugido. Unos Pterodáctilos vuelan libres por la costa. El Mosasaurus bucea bajo unos surfistas en alguna playa desconocida del planeta mientras Blue corre por una montaña hasta llegar a la cima en la que observa un pueblo en la ladera que hay bajo ella. En una nueva audiencia en el Senado de los Estados Unidos, el Dr. Ian Malcolm dice que los humanos ahora deben aprender a convivir con los dinosaurios.

En una escena de post-créditos, una bandada de Pteranodon vuela alrededor de la réplica de la Torre Eiffel en Las Vegas.



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